Muzikos mokymo Lietuvoje ištakos siekia XIV a. ir sietinos su muzikų profesionalų rengimu Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės rūmams. Lietuvai priėmus krikščionybę (XIV a. pab. – XV a. pr.), muzikos ir grigališkojo giedojimo buvo mokoma bažnyčių ir vienuolynų giedotojų mokyklose. XVII a. muziką pradėta dėstyti Vilniaus universitete, o 1667 m. universiteto prof. Žygimantas Liauksminas išleido pirmą Lietuvoje natų rašto ir giedojimo vadovėlį ,,Ars et praxis musicae". Muzikos mokyklas išlaikė kai kurie Lietuvos didikų dvarai, Vilniuje XIX a. pab. – XX a. pr. veikė Rusų muzikos draugijos mokykla, steigėsi privačios mokyklos. XX a. pradžioje Kaune kompozitorius J. Naujalis vedė vargonininkų kursus, o 1919 m. įsteigė oficialią Kauno muzikos mokyklą, kuri padėjo profesionalaus muzikos mokymo pagrindus XX a. Lietuvoje.

Lenkijos okupuotame Vilniuje iki 1940 m. veikė M. Karlovičiaus konservatorija ir Žydų muzikos institutas, o Klaipėdoje – kompozitoriaus St. Šimkaus įsteigta Klaipėdos muzikos mokykla. Tačiau visos šios institucijos neturėjo aukštosios mokyklos statuso, kurio poreikis Lietuvoje tolydžio augo. Juolab, kad šalyje darbavosi nemažas būrys kvalifikuotų muzikų, kurie aukštąjį mokslą įgijo Varšuvos, Leipcigo, Sankt Peterburgo, Maskvos konservatorijose. Todėl 1933 m. vasario 7 d. Kauno muzikos mokykla buvo perorganizuota į aukštąją mokyklą – Kauno konservatoriją (direktorius – kompozitorius J. Gruodis).

Sovietinės okupacijos metais – 1940, sujungus Vilniuje veikusias muzikos mokyklas ir privačius kursus, buvo įsteigta Vilniaus muzikos mokykla, kuri 1945 m. buvo pertvarkyta į Vilniaus konservatoriją (direktorius – kompozitorius ir muzikologas J. Bendorius). 1949 m. dvi šalyje veikusios Kauno ir Vilniaus konservatorijos buvo sujungtos į Lietuvos valstybinę konservatoriją Vilniuje (rektoriai – pianistas J. Karnavičius, nuo 1983 m. – kompozitorius V. Laurušas, nuo 1994 m. – muzikologas J. Antanavičius).

1975 m. prie Konservatorijos buvo prijungtas Šiaulių pedagoginio instituto Klaipėdos muzikos fakultetas, vėliau jis išaugo į Konservatorijos Klaipėdos fakultetus. Šis iš trijų fakultetų susidedantis padalinys rengė muzikos mokytojus bendrojo lavinimo mokykloms, choreografus ir mėgėjiško teatro vadovus. 1997 m. šie fakultetai buvo prijungti prie Klaipėdos universiteto.

1989 m., siekiant decentralizuoti specialistų rengimą, įsteigiamas Konservatorijos Kauno fakultetas (prorektorius – pianistas R. Čepinskas), kuriame rengiami muzikos atlikėjai ir muzikos mokytojai. 1992 m. Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos Prezidiumo nutarimu Lietuvos valstybinė konservatorija buvo pavadinta Lietuvos muzikos akademija (LMA). Nuo 2004 m. Lietuvos muzikos akademija pervadinta į Lietuvos muzikos ir teatro akademiją (LMTA). Nuo 2005 m. gegužės mėn. LMTA rektorius yra akordeonininkas prof. Eduardas Gabnys. Tokios yra dabartinės Lietuvos muzikos akademijos istorinės šaknys ir jos raida.