MUZIKINIO FOLKLORO ARCHYVAS reorganizuotas 2022 m. iš Etnomuzikologijos skyriaus. Šis Akademijos struktūrinis padalinys įkurtas 1948 m. Jadvygos Čiurlionytės iniciatyva perkėlus dalį bibliotekos etnomuzikologinių leidinių ir Garso įrašų laboratorijos (Fonotekos) etnomuzikos garso įrašų bei surinkus liaudies instrumentų fondą. 1948–1984 m. skyrius vadinosi Liaudies muzikos kabinetu, 1984–1993 m. – Liaudies muzikos laboratorija, 1993–2015 m. – Muzikologijos instituto Etnomuzikologijos skyriumi, 2015–2022 m. – Mokslo centro Etnomuzikologijos skyrius (MCES), kuriame saugomas muzikinio folkloro archyvas (MFA – registruotas archyvo kodas).
Archyve yra specializuota fonoteka ir audioteka, videoteka. Kiekvienas LMTA bendruomenės narys turi teisę nemokamai naudotis skyriaus garso bei vaizdo aparatūra, įrašų fondais, katalogais, duomenų bazėmis ir gauti apie juos išsamią informaciją. Fondais taip pat gali naudotis LMTA svečiai.